产品介绍
VARxMD
基于ReaxFF反应力场的反应分(fēn)子动力學(xué)(ReaxFF MD)模拟方法已应用(yòng)于复杂反应过程如热解、氧化、催化反应等反应机理(lǐ)的研究而备受关注。这类过程不仅化學(xué)反应复杂、且伴随物(wù)理(lǐ)过程的变化,其模拟结果分(fēn)析具有(yǒu)挑战性。VARxMD是國(guó)际上首个ReaxFF MD化學(xué)反应分(fēn)析及可(kě)视化工具,可(kě)在自动分(fēn)析化學(xué)反应位点的基础上获得完整反应列表、反应物(wù)和生成物(wù)的动态演化、指定反应物(wù)与生成物(wù)之间 的反应网络等多(duō)层次化學(xué)反应信息,并进行基于2D和3D化學(xué)结构的可(kě)视化。
反应體(tǐ)系物(wù)种归类及统计 |
反应分(fēn)析 |
反应网络的自动构建 |
物(wù)种和化學(xué)反应的3D可(kě)视化 |
VARxMD的物(wù)种是指反应过程中具有(yǒu)相同化學(xué)结构的分(fēn)子片段集合,以该对象集合作為(wèi)整體(tǐ)考察其在反应网络中演化趋势和反应行為(wèi),可(kě)為(wèi)反应机理(lǐ)的分(fēn)析提供基础。针对ReaxFF MD模拟反应體(tǐ)系中的物(wù)种和化學(xué)反应,VARxMD建立了一套灵活的物(wù)种分(fēn)类规则,可(kě)对反应體(tǐ)系的物(wù)种组成、化學(xué)结构、性质等特征的物(wù)种自动分(fēn)类,并对分(fēn)类统计结果进行可(kě)视化。这些功能(néng)对观察反应网络中特定对象的演化趋势提供了有(yǒu)利支持。 |
VARxMD可(kě)以有(yǒu)效地提取ReaxFF MD模拟得到的分(fēn)子轨迹文(wén)件中的反应信息,自动生成基于唯一物(wù)种的化學(xué)反应完整列表,并以反应列表的形式呈现给用(yòng)户,还可(kě)基于归类物(wù)种和反应位点进行化學(xué)反应分(fēn)类、检索、绘图等。用(yòng)户可(kě)以在反应列表中对反应进行2D和3D结构的观察,获取自己感兴趣的反应信息。 |
VARxMD于2019年增加了反应网络自动构建的功能(néng),可(kě)以搜索从指定反应物(wù)到指定生成物(wù)之间的反应路径,并构建反应网络构建。该化學(xué)反应网络分(fēn)析功能(néng)适用(yòng)于分(fēn)析采用(yòng) ReaxFF MD 方法模拟的各种反应體(tǐ)系,可(kě)进一步提升研究人员分(fēn)析反应机理(lǐ)的能(néng)力和效率。 |
VARxMD提供了从3D构型观察物(wù)种化學(xué)结构的功能(néng),还可(kě)以从3D的角度来观察化學(xué)反应的细节,打开化學(xué)反应列表后即可(kě)使用(yòng)该功能(néng)。 |
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