产品介绍
Geneious
满足世界领先的生物(wù)信息學(xué)软件平台
Geneious是由Biomatters开发的一款分(fēn)子生物(wù)學(xué)和NGS分(fēn)析软件,该软件包括从基础的分(fēn)子生物(wù)學(xué)到序列分(fēn)析的工具,特别适用(yòng)于诊断抗體(tǐ)研发生物(wù)信息學(xué)软件方案。Geneious提供组织所需的所有(yǒu)分(fēn)子生物(wù)學(xué)和序列分(fēn)析工具。无论您是希望提高生产率、提高可(kě)见性和洞察力,还是减少错误和风险,我们的平台都会解锁您实验室数据的价值。
序列分(fēn)析
Sanger和 NGS的可(kě)视化(宏基因组、RNA-seq),序列拼接,查找SNP,基因组注释,DNA序列及蛋白质序列的统计、预测等,查找Motif、ORF,比对序列与构建进化树等功能(néng)。
自动基因组注释 根据公共或本地数据库中的现有(yǒu)模式和注释自动注释新(xīn)基因组,包括根据这些模式将 ORF 注释為(wèi)假设基因,并针对 NCBI 进行查询。 |
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实时序列预测 对DNA和蛋白质序列进行翻译,预测分(fēn)子量、等電(diàn)点、疏水性、跨模结构域等。 |
NGS可(kě)视化 只需单击一下,即可(kě)获得您拥有(yǒu)的下一代测序数据所需的可(kě)视化效果。注释的基因组,循环基因组,映射的读取,重叠群都显示在我们高度可(kě)定制的序列视图中。选择要显示的其他(tā)批注的配色方案、图形和轨迹,然后使用(yòng)动态批注搜索和位置跳转来查找所需内容。 |
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转录组数据分(fēn)析 从映射的读数中计算表达水平,然后在样品之间进行成对比较,以鉴定差异表达的基因。在统计编程语言R方面没有(yǒu)任何专业知识的情况下,使用(yòng)行业标准的DESeq2包来比较两个条件之间的表达式,每个条件都有(yǒu)重复样本。 切换到 PCA 图选项卡以使用(yòng)主成分(fēn)分(fēn)析检查数据的质量,然后切换到交互式火山(shān)图以发现感兴趣的基因。在火山(shān)图中选择一个基因后,您可(kě)以在序列视图中直接跳转到该基因,其中所有(yǒu)基因都具有(yǒu)基于差异表达的热图着色。 |
序列拼接 可(kě)以处理(lǐ)来自任何类型的测序机器的数据,读取任何長(cháng)度的读数,包括配对读取和来自不同测序机器的混合读取。它特别适用(yòng)于具有(yǒu)产生圆形重叠群的独特能(néng)力的微生物(wù)组件。 |
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序列比对 使用(yòng)如Clustal Omega、MUSCLE、MAFFT等多(duō)种比对方式将序列进行对齐分(fēn)析。 |
系统发育进化树构建 使用(yòng)多(duō)种算法对目的序列构建进化树,如MrBayes、Neighbor Joining、UPGMA、PhyML。 |
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分(fēn)子生物(wù)學(xué)
自动注释质粒图谱、模拟分(fēn)子克隆(优化密码子),引物(wù)、探针的设计及特异性分(fēn)析监测,定位CRISPR位点、分(fēn)析基因编辑结果,分(fēn)析SSR序列等。
分(fēn)子克隆 自动注释质粒/表达载體(tǐ)图谱,模拟Golden Gate、In-Fusion、Gibson、Gateway等多(duō)种分(fēn)子克隆方法,优化密码子去除冗余酶切位点。 |
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引物(wù)设计 直接在Geneious序列查看器中的比对和组装體(tǐ)上设计PCR和测序引物(wù)以及杂交探针,以定位任何靶區(qū)或整个序列。还可(kě)以根据发卡结构,引物(wù)二聚體(tǐ)等结果筛选引物(wù),对引物(wù)进行特异性检测,将脱靶信息添加到新(xīn)的引物(wù)注释中。 |
CRISPR gDNA 设计 专為(wèi)CRISPR设计的强大软件可(kě)以快速轻松地找到站点,设计指南RNA并分(fēn)析您的编辑结果,定位CRISPR靶位点,并在基因组或独立基因序列的选定區(qū)域内对其进行评分(fēn),自动识别 CRISPR 最佳位点。 |
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